گروه شیلات و علوم آبزیان دانشگاه شهرکرد در سال 1388 با پذیرش 30 نفر دانشجو در مقطع کارشناسی تأسیس گردید. با توجه به فراهم شدن امکانات آموزشی، آزمایشگاه‌ها و کادر علمی در سال 1391 با موافقت شورای آموزش عالی این گروه اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد مهندسی تکثیر و پرورش آبزیان و بوم‌شناسی آبزیان شیلاتی نموده است. این گروه هم‌اکنون با تعداد شش نفر عضو هیات‌علمی تمام‌وقت فعالیت می‌کند.

هم‌اکنون استان چهارمحال و بختیاری با تولید سالانه بیش از 23 هزار تن ماهی قزل‌آلا، 15 درصد از ماهیان سردابی تولیدی کشور را به خود اختصاص داده است و به عنوان قطب تولیدی ماهیان سردابی در کشور شناخته می‌شود. در این استان علاوه بر مراکز تکثیر و پرورش ماهیان سردابی و پرورش در قفس، صنایع وابسته مانند تولید خوراک آبزیان و فراوری و بسته‌بندی آبزیان رشد چشمگیری داشته است.گروه شیلات و علوم آبزیان دانشگاه شهرکرد با تکیه بر توان علمی و پژوهشی اعضای هیات علمی و امکانات و زیر ساخت‌های موجود در استان، توانسته کارشناسان کارآزموده را تقدیم این مرزوبوم نماید.

​