گام آغازین جهت ایجاد دانشگاه شهرکرد در خردادماه سال ۱۳۵۶ با تأسیس دانشکده‌ی دامپروری شهرکرد در یک ساختمان استیجاری واقع در میدان دانشگاه برداشته شد. با پایان یافتن انقلاب فرهنگی و بازگشایی دانشگاه‌ها در سال ۱۳۶۲، دانشکده‌ی دامپروری به آموزشکده‌ی کشاورزی تبدیل شد و به‌عنوان زیر مجموعه‌ی ای از دانشگاه صنعتی اصفهان با پذیرش ۳۰ دانشجودر دو رشته‌ی امور زراعی و امور دامی در مقطع کاردانی به کار خود ادامه داد. در سال ۱۳۶۷ آموزشکده کشاورزی به مجتمع آموزش عالی ارتقاء یافت و در تاریخ ۱۶ دی‌ماه۱۳۷۰ با موافقت شورای گسترش آموزش عالی کشور مجتمع آموزش عالی شهرکرد به "دانشگاه شهرکرد" تبدیل شد. فضاهای آموزشی، کمک آموزشی و رفاهی موجود در دانشگاه بالغ بر ۱۴۷۰۰۰ متر مربع بوده و ۴۰۰۰۰ مترمربع نیز در دست احداث می‌باشد. دانشگاه شهرکرد در حال حاضر دارای ۳۳۰ عضو هیأت علمی، بیش از ۳۰۰ کارمند، بیش از ۷ هزار دانشجو و ۴۹ رشته در مقطع کارشناسی،۷۹ رشته کارشناسی ارشد ۳۶ رشته دکتری تخصصی و ۱ رشته دکتری حرفه‌ای می‌باشد. در حال حاضر دانشگاه دارای ۸ دانشکده (فنی و مهندسی،ادبیات و علوم‌انسانی،علوم پایه، ریاضی، دامپزشکی، کشاورزی،منابع طبیعی و علوم زمین، علوم انسانی و هنر فارسان) ،6 پژوهشکده (فناوری جنین دام، زیست فناوری، بیماریهای مشترک انسان و دام، مرکز رشد، مرکز تحقیقات منابع آب و نانو) می‌باشد. در سال ۱۳۹۵مرکز شتابدهی نوآوری و مرکزتخصصی آپا(آگاهی رسانی، پشتیبانی و امدادرسانی) در دانشگاه راه‌اندازی گردید.دانشگاه شهرکرد در سال ۲۰۱۷ میلادی برای اولین بار در فهرست یک درصد دانشگاه‌های برتر جهان و هم چنین در زمره دانشگاه‌های موثر مهندسی جهان قرار گرفت و به لحاظ تولید بیشترین مقالات یک درصد برتر ISI در میان دانشگاه‌های جامع کشور موفق به کسب رتبه ۱۸ گردید. این دانشگاه از سال ۱۳۹۶ شروع به جذب دانشجویان خارجی در رشته‌های ادبیات و علوم انسانی و حقوق کرده است.
با توجهات و تدابیر دولت محترم و برنامه‌ریزی‌های منسجم و تلاش همه‌جانبه مجموعه دانشگاه شهرکرد، این دانشگاه توانسته است در عرصه‌های مختلف موفقیت‌های بزرگی به دست آورد وخود را به‌عنوان یکی از دانشگاه‌های موفق به عرصه آموزش عالی کشور معرفی کند.