کریم مهنام

دانشیار

زیست شناسی

دانشکده علوم پایه

تلفن: 03832324401



دفتر کار مجازی

زمینه های تحقیقاتی
   طراحی دارو ، طراحی پروتئين به کمک روشهای شبیه سازی دینامیک مولکولی و داکینگ و روشهای بیوانفورماتیکی



سوابق تحصیلی
   دکتری، زیست‌شناسی (تمام گرایشها)، دانشگاه تهران، ایران ، تاريخ فارغ التحصيلی: ١٣٨٦

مقالات
International Journal
1. Azhar Salari-jazi, Karim Mahnam, Parisa Sadeghi, Mohamad Sadegh Damavandi & Jamshid Faghri , Discovery of Potential Inhibitors Against New Delhi Metallo-?-Lactamase-۱ From Natural Compounds: In Silico-Based Methods ,
2. Saghi Sepehri , Niloufar Hashemidanesh, Karim Mahnam, Hila Asham , Qualitative and quantitative analysis of anti-viral compounds against SARS-CoV-2 protease enzyme by molecular dynamics simulation and MM/PBSA method ,
3. Karim Mahnam*, Maryam Lotfi, Farzaneh Ahmadi Shapoorabadi, Examining the Interactions Scorpion Venom Peptides (HP1090, Meucin-13, and Meucin-18) with the Receptor Binding Domain of the Coronavirus Spike Protein to design a Mutated Therapeutic Peptide ,
4. Karim Mahnam, Zahra Ghobadi, Finding a prospective dual-target drug for the treatment of coronavirus disease by theoretical study ,
5. Sara Eskandari, Abolfazl Barzegar, Karim Mahnam, Absorption of daunorubicin and etoposide drugs by hydroxylated and carboxylated carbon nanotube for drug delivery: Theoretical and experimental studies ,
6. Meysam Soleimani , Karim Mahnam , Hamid Mirmohammad-Sadeghi, Hojjat Sadeghi-Aliabadi, and Ali Jahanian-Najafabadi, Theoretical design of a new chimeric protein for the treatment of breast cancer ,
7. Mahboubeh Mansourian, Karim Mahnam, Hamid Reza Rajabi, MahmoudRoushani , Amir Hossein Doustimotlagh, Exploring the binding mechanism of saccharin andsodium saccharin to promoter of human p53 geneby theoretical and experimental methods ,
8. Nasrin Payab, Karim Mahnam, and Mostafa Shakhsi-Niaei, Computational comparison of two new fusion proteins for multiple sclerosis ,
9. Alireza Mansouri ,Karim Mahnam, Designing new surfactant peptides for binding to carbon nanotubes via computational approaches ,
10. Mahboubeh Mansourian, Lotfollah Saghaie, Afshin Fassihi, Armin Madadkar-Sobhani, Karim Mahnam, Linear and nonlinear QSAR modeling of 1,3,8-substituted-9-deazaxanthines as potential selective A2BAR antagonists ,
11. Elham Jafari , Ali Gheysarzadeh, Karim Mahnam , Rezvan Shahmohammadi, Amir Ansari, Hadi Bakhtyari and Mohammad Reza Mofid, n silico interaction of insulin-like growth factor binding protein 3 with insulin-like growth factor 1 ,
12. B. Saffar, A. Mehri Ghahfarrokhi, K. Mahnam , M. Mobini-Dehkordi, Improvement of Cd2+ uptake ability of SmtA proteinby Lys/Cys mutation; experimental and theoreticalstudies ,
13. Karim Mahnam, Samira Foruzandeh, Neda Mirakhorli & Behnaz Saffar, Experimental and theoretical studies of cadmiumions absorption by a new reduced recombinantdefensin ,
14. Maryam Farrokhnia, Karim Mahnam, Molecular Dynamics and Docking Investigations of Several Zoanthamine-Type Marine Alkaloids as Matrix Metaloproteinase-1 Inhibitors ,
15. K. Mahnam, A.A. Moosavi-Movahedia, H. Bahrami, G. Hossein HakimelahiG. Ataiea, S. Jalili , A.A Saboury, F. Ahmad, S. Safariana, M. Amanloufan B. Moshiri, Efficient Factors in Protein Modification: Adenosine Deaminase Esterification by Woodward Reagent K ,
16. KARIM MAHNAM, HOMAYOON BAHRAMI, ALI AKBAR MOOSAVI-MOVAHEDI, ALI AKBAR SABOURY, MEHDI IRANMANESH, GHOLAM HOSSEIN HAKIMELAHI ,MOHAMMAD NAVID SOLTANI RAD and ALI KHALAFI-NEZHAD, A THEORETICAL INVESTIGATION OF MECHANISM OFTHE ADENOSINE DEAMINASE MODIFICATION:REACTION OF GLUTAMATE RESIDUE WITHWOODWARD REAGENT K ,
17. DAVOOD AJLOO, ALI A. SABOURY, NILOOFAR HAGHI-ASLI, GHASEMATAEI-JAFARAI, ALI A. MOOSAVI-MOVAHEDI, MOSAYEB AHMADI,KARIM MAHNAM, SAEED NAMAKI, Kinetic, thermodynamic and statistical studies on the inhibitionof adenosine deaminase by aspirin and diclofenac ,
18. Mohsen Shahlaei, Armin Madadkar-Sobhani, Karim Mahnam, Afshin Fassihi , Lotfollah Saghaie, Mahboubeh Mansourian, Homology modeling of human CCR5 and analysis of its binding properties throughmolecular docking and molecular dynamics simulation ,
19. Nima Razzaghi-Asla, Sahar Mirzayia, Karim Mahnamb, Saghi Sepehri, Identification of COX-2 inhibitors via structure-based virtual screeningand molecular dynamics simulation ,
20. Mahboubeh Mansourian, Afshin Fassihi, Lotfollah Saghaie, Armin Madadkar-Sobhani, Karim Mahnam , Maryam Abbasi, QSAR and docking analysis of A2Badenosine receptor antagonists based onnon-xanthine scaffold ,
21. Mahboubeh Mansourian, Karim Mahnam, Armin Madadkar-Sobhani,Afshin Fassihi , Lotfollah Saghaie, Insights into the human A1 adenosinereceptor from molecular dynamicssimulation: structural study in the presenceof lipid membrane ,
22. Mohammad Mahmoudzadeh , Afshin Fassihi, Farid Dorkoosh, Reyhaneh Heshmatnejad, Karim Mahnam, Hassan Sabzyan, Amir Sadeghi, Elucidation of Molecular Mechanisms Behind the Self-AssemblyBehavior of Chitosan Amphiphilic Derivatives ThroughExperiment and Molecular Modeling ,
23. Oveis Karima, Gholamhossein Riazi, Sirus Khodadadi, Reza Yousefi, Karim Mahnam ,Farzad Mokhtari, Tayebe Cheraghi, Elham Hoveizi, Ali Akbar Moosavi-Movahedi, An in vitro study of the role ofb-boswellic acid in the microtubuleassembly dynamics ,
24. Hamed Hosseinian, Karim Mahnam, Mostafa Shakhsi-Niaei, The c.305del3 inIL-2gene in Homonoidea theoretically affects IL-2/IL-2Rαinteraction as well as lymphocyte homeostasis ,
25. Karim Mahnam , Azadeh Hoghoughi, Theoretical investigation of fingolimod and cladribinebinding to p53 gene in order to predication of probabilistic cause of carcinogenicity of them ,
26. Elmira Mohammadi, Hooria Seyedhosseini‑Ghaheh, Karim Mahnam, Ali Jahanian‑Najafabadi, Hamid Mir Mohammad Sadeghi, Reteplase: Structure, Function, and Production ,
27. Elmira Mohammadi, Karim Mahnam, Ali Jahanian-Najafabadi & Hamid MirMohammad Sadeghi, Design and production of new chimeric reteplasewith enhanced fibrin affinity: a theoretical andexperimental study ,
28. A. Barkhordari , K. Mahnam, H. Mirmohammad-Sadegh, Designing a new bispecific tandem single-chain variablefragment antibody against tumor necrosis factor-αand interleukin-23 using in silico studies for the treatmentof rheumatoid arthritis ,
29. Karim Mahnam, Fatame Raisi, A theoretical and experimental study of calcium, iron, zinc,cadmium, and sodium ions absorption by aspartame ,
30. Karim Mahnam, Amir Sadeghi, Mehrdad Mohammadpour , Afshin Fassihi, Theoretical studies of 1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxamidesas possible inhibitors ofMycobacterium tuberculosisenoylreductase ,
31. Zainab Moosavi-Movahedi,, Homayoon Bahrami, Mansour Zahedi, Karim Mahnam, Jamshid Chamani, Shahrokh Safarian, Ali A. Saboury, Ali A. Moosavi-Movahedi, A theoretical elucidation of bilirubin interaction with HSA's lysines: Firstelectrostatic binding site in IIA subdomain ,
32. K. Mahnam, B. Saffar, M. Mobini-Dehkordi, A. Fassihi and A. Mohammadi, Design of a novel metal binding peptide by molecular dynamics simulation to sequester Cu and Zn ions ,
33. Mohammad N. SarboloukiKarim MahnamHossain-Ali Rafiee-Pour, Determination of pore/protein sizeviaelectrophoresis and slit sieve model ,
34. Hossein Mohammadian , Karim Mahnam , Hamid Mirmohammad Sadeghi , Mohamad Reza Ganjalikhany, and Vajihe Akbari, Rational design of a new mutant of tobacco etch virus protease in order to increase the in vitro solubility ,
35. Mahboubeh Mansourian&Armin Madadkar-Sobhani&Karim Mahnam&Afshin Fassihi&Lotfollah Saghaie, Characterization of adenosine receptor in its nativeenvironment: insights from molecular dynamics simulationsof palmitoylated/glycosylated, membrane-integrated humanA2Badenosine receptor ,
36. H. R. Saeidi, Lohrasebi , K. Mahnam, External electric field effects on the mechanical propertiesof theαβ-tubulin dimer of microtubules: a molecular dynamicsstudy ,
37. Fatemeh Ghanavatinejad, Zahra Pourteymourfard‐Tabrizi, Karim Mahnam, Abbas Doosti ,Ameneh Mehri‐Ghahfarrokhi , Masoumeh Pourhadi, Sayedeh Azimeh Hosseini ,Morteza Hashemzadeh Chaleshtori , Payam Soltanzadeh and Mohammad‐Saeid Jami, In silico and in vitro effects of the I30T mutation on myelin proteinzero instability in the cell membrane ,
38. B. Saffar, A. Mehri Ghahfarrokhi, K. Mahnam & M. Mobini-Dehkordi, Improvement of Cd2+ uptake ability of SmtAprotein by Lys/Cys mutation; experimental andtheoretical studies ,
39. Valiollah Hajhashemi, Mustafa Ghanadian, Abbasali Palizaban,Karim Mahnam, Hamed Eshaghi, Bahareh Gheisari, HojjatSadeghi-Aliabadi, Cycloarta-23-ene-3beta,25-diol a pentacyclic steroid fromEuphorbiaspinidens, as COX inhibitor with molecular docking, andin vivostudy ofits analgesic and anti-inflammatory activities in male Swiss mice andWistar rats ,
40. Fatemeh Mohammadi-Milasi, Karim Mahnam & Mostafa Shakhsi-Niaei, In silico study of the association of the HLA-A*31:01 allele (human leucocyte antigen allele31:01) with neuroantigenic epitopes of PLP(proteolipid protein), MBP (myelin basic protein)and MOG proteins (myelin oligodendrocyteglycoprotein) for studying ,
41. Abolfazl Barzegar, Ali A. Moosavi-Movahedi, Karim Mahnam, Saman Hosseini Ashtiani, Chaperone-like activity ofa-cyclodextrin via hydrophobic nanocavityto protect native structure of ADH ,
42. ABOLFAZL BARZEGAR, ALI AKBAR MOOSAVI-MOVAHEDI, KARIM MAHNAM, HOMAYOON BAHRAMI and NADER SHEIBANI, Molecular dynamic simulations of nanomechanicchaperone peptide and effects ofin silicoHis mutations onnanostructured function ,
43. Fatemeh Banisharif-Dehkordi, Mohsen Mobini-Dehkordi, Mostafa Shakhsi-Niaei and Karim Mahnam, Design and molecular dynamic simulation of a new double-epitope tolerogenic protein as a potential vaccine for multiple sclerosis disease ,
44. Davood Ajlooa, Elias Taghizadeha, Ali. A. Sabouryb, Elahe Bazyaria, Karim Mahnam, Effects of surfactant, salt and solvent on the structure and activity of adenosinedeaminase: Molecular dynamic and spectrophotometric studies ,
Research Journal
٤٥. زهرا توکلي گارماسه، بهناز صفار، کريم مهنام, طراحي،کلونينگ، بيان و خالص سازي پپتيد هيستاتين ۳ جهش يافته و بررسي اثرات ضد ميکروبي آن ,
٤٦. سوگند امیری فر، کریم مهنام, پیشگویی جهشهای پایدارکننده بالقوه پروتئین اینترفرون بتا-a1 (سینووکس) به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی ,
٤٧. آذین مشرف قهفرخی ، حسینعلی رفیعی پور، کریم مهنام, مقایسه ساختار سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز به منظورعوامل تعیین نشاندهنده گرمای پایداری پروتئینها با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی ,
٤٨. فاطمه میراحمدی باباحیدری و کریم مهنام , طراحی يک پپتيد چهار اسيدآمينه ای نوين برای مهار دومين BIR3 پروتئينXIAP به وسيله شبيه سازی ديناميک مولکولی ,
٤٩. کریم مهنام و نسرین پایاب, سایتوکاینهای پیش التهابی وروشهای مهارآنها ,



کتب و جزوات



افتخارات



پایان نامه ها
ردیف نام دانشجو عنوان تاریخ دفاع
١. مرضیه میرزایی ارجنکی غربال گری مجازی مهارکننده های آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز2 به-عنوان داروی بالقوه برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس پنج شنبه ٣٠ بهمن ١٣٩٩
٢. نیکو اسماعیلی پیشگویی توالی گیرنده های لنفوسیت T باند شونده با مجموعه Peptide:HLA-A*۰۳ با استفاده از روش های نظارتی یادگیری ماشین جمعه ١ فروردين ١
٣. مهران دهقانی تفتی طراحی و سنتز توالی scFv ترشحی مشتق شده از برودالوماب، کلون کردن آن در وکتور یوکاریوتی pcDNA و بررسی میانکنش آن با گیرنده اینترلوکین ۱۷ جمعه ١ فروردين ١
٤. مریم سجادی بررسی اثر میدان بسامد رادیویی بر روی دینامیک کانال پتاسیم به روش محاسباتی دوشنبه ١ فروردين ١٣٩٠
٥. نیره بهامین کاکلکی مطالعات پایداری حرارتی و سینتیکی آنزیم پراکسیداز در حضور یون های نیکل و کادمیوم و نانو ذرات اکسید نیکل و کادمیوم در دماهای مختلف دوشنبه ١ فروردين ١٣٩٠
٦. آمنه مهری قهفرخی سنتز کلون‌سازی و بیان ژن موتانت smtA با هدف افزایش توانایی جذب فلز نسبت به نوع وحشی سه شنبه ١ فروردين ١٣٩١
٧. سمیرا فروزنده هفشنجانی عیین نقش ژن دفنزین بیان شده در سیستم گیاهی جهت جذب روی پنج شنبه ١ فروردين ١٣٩٢
٨. پریسا عزیزی علویجه بررسی رفتارهای دینامیکی ایمونولوژی بدن و ویروس اچ آی وی شنبه ١ فروردين ١٣٩٤
٩. زمزم طیباتی نظریه اطلاعات در خصوص تعیین توالی DNA به روش شات گان شنبه ١ فروردين ١٣٩٤
١٠. سیده زهرا موسوی مطالعه پلی مورفیسم (g.۱۹۱۶۳A>G)SacI در ژن استئوپروتگرین در زنان ۴۵ سال و بالاتر و ارتباط آن با میزان تراکم استخوان در استان چهارمحال وبختیاری شنبه ١ فروردين ١٣٩٤
١١. زهرا صدری سوادجانی استفاده از ساختار کد دیوی و مک کی برای بارکدها در توالی یابی DNA شنبه ١ فروردين ١٣٩٤
١٢. فاطمه بنی شریف دهکردی طراحی و کلون سازی واکسن تحمل زا بر پایه ی پروتئین های الحاقی نوروآنتی ژن به منظور پیشگیری از بیماری خود ایمن ام . اس شنبه ١ فروردين ١٣٩٤
١٣. سودابه سلطانی تولید DNAواکسن چند مرحله ای علیه انگل توکسوپلاسما گوندیی سه شنبه ١ فروردين ١٣٩٦
١٤. سمانه فروغی دهنوی بررسی درهم تنیدگی کوانتومی در پدیده ی فوتوسنتز پنج شنبه ١ فروردين ١٣٩٨
١٥. بهاره نیکوزر ساب کلونینگ و بیان HLA-A*۳۱:۰۱ نوترکیب به منظور بررسی تجربی برهمکنش آن با اپیتوپ نوروآنتیژنی MOG:۱۹۵–۲۰۴ پنج شنبه ١ فروردين ١٣٩٨
١٦. مرضیه میرزایی ارجنگی طراحی مهارکننده برای آنزیم ماتریکس متالوپروتئیناز ۲ به عنوان داروی بالقوه برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس جمعه ١ فروردين ١
١٧. سلیمه رئیسی مطالعه نظری اتصال تعدادی از مهارکننده‌های جدید آنزیم آدنوزین دآمیناز به این آنزیم سه شنبه ١ فروردين ١٣٩١
١٨. آزاده حقوقی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی اتصال داروهای ضد ام‌اس وحشی و جهش‌یافته کلادریبین و فینگولیمود به ژن مهار‌کننده تومور (p۵۳) به منظور پیشگویی رفتار سرطان‌زایی آن‌ها سه شنبه ١ فروردين ١٣٩١
١٩. هاجر طاهری آقا رانی مطالعات ساختمانی و نظری پایداری آلفا ۱- تریپسین در حضور دما و دگرگون‌کننده‌های شیمیایی سه شنبه ١ فروردين ١٣٩١
٢٠. حامد حق شناس آدرمنابادی طراحی نظری ساختار جدیدی از سیلکلوسپورین A با حلالیت بیشتر در آب و قدرت اتصال بیشتر به گیرنده‌اش پنج شنبه ١ فروردين ١٣٩٢
٢١. سیده بهناز موسویان دهکردی مطالعه ساختار ایزوفرم های مختلف پروتئین ZFX در pHها مختلف به وسیله شبیه سازی دینامیک مولکولی و اتصال آن ها به ژن TCL۱ جمعه ١ فروردين ١٣٩٣
٢٢. فاطمه میراحمدی بابا حیدری طراحی مهارکننده برای مهار دومین BIR۳ (Baculoviral IAP Report ۳) پروتئین XIAP (X-Linked Inhibitor of Apoptosis) به کمک روش شبیه-سازی دینامیک مولکولی شنبه ١ فروردين ١٣٩٤
٢٣. رسول اسلامی فارسانی مطالعات تجربی و نظری میانکنش پلی آمین ها و اسمولیت های مختلف و نانو ذرات NiO ، CuO ، MgO با پروتئین میوگلوبین یکشنبه ١ فروردين ١٣٩٥
٢٤. نسرین پایاب طراحی نظری واکسن برای بیماری ام اس (Multiple sclerosis) بر اساس اپی توپ های MOG(۱-۲۰)، MOG(۱۱-۳۰)، MBP(۱۳-۳۲)، MBP(۱۱۱-۱۲۹) یکشنبه ١ فروردين ١٣٩٥
٢٥. فاطمه محمدی میلاسی پیش‌گویی اپی‌توپ‌های نوروآنتی‌ژنیMOG و بررسی اتصال آنها به آلل۳۱۰۱*HLA-A با روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی سه شنبه ١ فروردين ١٣٩٦
٢٦. زهرا توکلی گارماسه طراحی، شبیه سازی دینامیک ملکولی، کلونینگ و بیان پپتید هیستاتین۳ جهش یافته چهارشنبه ١ فروردين ١٣٩٧
٢٧. سوگند امیری فر پیشگویی جهش های پایدارکننده بالقوه و مطالعه تجربی پایداری پروتئین اینترفرون بتا- a ۱(سینووکس) در خارج از بدن چهارشنبه ١ فروردين ١٣٩٧
٢٨. زهرا قبادی طراحی نظری پپتید متصل شونده به آلل HLA-A*۰۳ به‌منظور جلوگیری از اتصال آن به سلول‌های T کشنده؛ بعنوان یک داروی بالقوه برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس چهارشنبه ٣٠ بهمن ١٣٩٨
٢٩. مهری هدایتی طراحی و شبیه سازی دینامیک مولکولی و همسانه سازی و بیان پپتید نوترکیب CAP۳۷ درباکتری اشرشیا کلی سه شنبه ١ بهمن ١٣٩٨






کلیه حقوق سایت برای دانشگاه شهرکرد محفوظ است